Άρθρο του Χειρουργού πρωκτού Dr Μουσιώλη Δημητρίου
Σύμφωνα με πολλές πρόσφατες μελέτες, οι ανθρώπινοι βακτηριακοί πληθυσμοί του εντέρου είναι ικανοί να επηρεάσουν διάφορες πτυχές της σωματικής και ψυχικής υγείας μας. Παρ ‘όλα αυτά, πολλά βακτήρια παραμένουν “μη καταγεγραμμένα” από τους επιστήμονες. Μια νέα μελέτη αποκάλυψε τώρα περίπου 2.000 προηγουμένως άγνωστα βακτήρια εντέρου.
Μια νέα μελέτη έχει αποκαλύψει μόλις 2.000 νέα είδη βακτηρίων του εντέρου.
Πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι το μικροβιακό έντερο μπορεί να έχει ρόλο στη νόσο του Πάρκινσον και την άνοια και μπορεί να εξηγήσει γιατί το φάρμακο διαβήτη τύπου 2 λειτουργεί καλά για μερικούς αλλά όχι για άλλους.
Βακτήρια στο έντερο μέσα από μικροσκόπιο
Νέα έρευνα – που εμφανίζεται στο περιοδικό Nature – έχει πλέον εντοπίσει σχεδόν 2.000 νέα βακτηριακά είδη του εντέρου που οι επιστήμονες δεν έχουν καλλιεργήσει ποτέ σε εργαστήριο πριν. Η ομάδα ερευνητών, από το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (EMBL-EBI) και το Ινστιτούτο Wellcome Sanger, και στο Hinxton, Ηνωμένο Βασίλειο, χρησιμοποίησε υπολογιστική ανάλυση για να αξιολογήσει τα δείγματα μικροβιολογικών εντέρων από συμμετέχοντες σε ολόκληρο τον κόσμο.
“Οι υπολογιστικές μέθοδοι μας επιτρέπουν να κατανοήσουμε τα βακτηρίδια που δεν μπορούμε ακόμα να καλλιεργήσουμε στο εργαστήριο”, εξηγεί ο συγγραφέας της μελέτης Rob Finn, από το EMBL-EMI. «Η χρησιμοποίηση της μεταγονιδιωματικής [ανάλυσης γενετικού υλικού] για την αναδημιουργία βακτηριακών γονιδιωμάτων είναι σαν να ανακατασκευάζουμε εκατοντάδες παζλ μετά την ανάμειξη όλων των κομματιών, χωρίς να γνωρίζουμε πως θα φαίνεται η τελική εικόνα και αφού αφαιρέσαμε εντελώς μερικά κομμάτια από αναμειγνύεται μόνο για να γίνει αυτό λίγο πιο δύσκολο “, συνεχίζει.
Εντούτοις, ο Finn συνεχίζει να σημειώνει ότι “οι ερευνητές βρίσκονται τώρα σε ένα στάδιο όπου μπορούν να χρησιμοποιήσουν μια σειρά υπολογιστικών εργαλείων για να συμπληρώσουν και μερικές φορές να καθοδηγήσουν την εργαστηριακή εργασία, προκειμένου να αποκαλύψουν νέες ιδέες στο ανθρώπινο έντερο”.
Τα βακτήρια του εντέρου κάτω από το μικροσκόπιο
Μια νέα προσέγγιση
Η ομάδα κατάφερε να αναδημιουργήσει 92.143 γονιδιώματα από δείγματα από 11.850 διαφορετικά μικροβιακά εντέρων. Αυτό επέτρεψε στους ερευνητές να εντοπίσουν 1.952 είδη βακτηρίων του εντέρου που δεν είχαν ξέρει αυτοί και άλλοι για αυτό το σημείο. Ο Finn και οι συνάδελφοί του εξηγούν ότι πολλά βακτηριακά είδη έχουν «διατηρήσει ένα χαμηλό προφίλ», λέγοντας έτσι, επειδή οι επιστήμονες τους έχουν βρει μόνο σε πολύ μικρούς αριθμούς στο έντερο ή δεν μπορούν να επιβιώσουν εκτός του περιβάλλοντος του εντέρου. Αυτό, σημειώνουν, έχει μέχρι στιγμής αποτρέψει τους επιστήμονες από την προσθήκη τέτοιων ειδών στον κατάλογο των βακτηρίων του εντέρου τους οποίους γνωρίζουν.
Αυτός είναι και ο λόγος για τον οποίο η ομάδα που διενήργησε την τρέχουσα μελέτη αποφάσισε να πάρει μια νέα διαδρομή – και να χρησιμοποιήσει έναν συνδυασμό υπολογιστικών μεθόδων για να προσπαθήσει να βρει έναν πιο ολοκληρωμένο «χάρτη» της ανθρώπινης μικροβιοτότητας. “Οι υπολογιστικές μέθοδοι μας επιτρέπουν να έχουμε μια ιδέα για τα πολλά βακτηριακά είδη που ζουν στο ανθρώπινο έντερο, για τον τρόπο με τον οποίο εξελίχθηκαν και για το είδος των ρόλων που μπορούν να παίξουν μέσα στην μικροβιακή τους κοινότητα”, λέει ο συν-συγγραφέας της μελέτης Αλεξάντερ Αλμέιντα. Προκειμένου να δημιουργηθεί ένα «στέρεο σχέδιο»,
“Σε αυτή τη μελέτη,” εξηγεί η Almeida, “χρησιμοποιήσαμε τις πιο ολοκληρωμένες δημόσιες βάσεις δεδομένων των γαστρεντερικών βακτηριδίων για τον εντοπισμό βακτηριακών ειδών που δεν έχουν παρατηρηθεί πριν. Οι μέθοδοι ανάλυσης που χρησιμοποιήσαμε είναι εξαιρετικά αναπαραγώγιμες και μπορούν να εφαρμοστούν σε μεγαλύτερα, πιο διαφοροποιημένα σύνολα δεδομένων στο μέλλον, επιτρέποντας περαιτέρω ανακάλυψη.
” Στο μέλλον, οι ερευνητές ελπίζουν ότι αυτή και παρόμοιες μελέτες θα βοηθήσουν περαιτέρω στην κατανόηση του ανθρώπινου εντέρου, το οποίο με τη σειρά του θα συμβάλει στην ανάπτυξη καλύτερων θεραπειών για ποικίλες συνθήκες. Ταυτόχρονα, η ομάδα σημειώνει ότι η παρούσα μελέτη έχει κάνει τους ερευνητές μεγαλύτερη επίγνωση ενός μεγάλου χάσματος στην έρευνα γύρω από τα βακτήρια του εντέρου. Οι επιστήμονες σήμερα γνωρίζουν ελάχιστα σχετικά με τα βακτηριακά είδη που είναι χαρακτηριστικά για τους πληθυσμούς εκτός εκείνων που κατοικούν στην Ευρώπη και τη Βόρεια Αμερική, τονίζουν οι ερευνητές.
“Βλέπουμε πολλά από τα ίδια βακτηριακά είδη που εμφανίζονται στα δεδομένα από πληθυσμούς της Ευρώπης και της Βόρειας Αμερικής. Ωστόσο, οι λίγες δέσμες δεδομένων της Νότιας Αμερικής και της Αφρικής στις οποίες είχαμε πρόσβαση για τη μελέτη αυτή αποκάλυψαν σημαντική ποικιλομορφία που δεν υπάρχει στους πρώην πληθυσμούς », σημειώνει ο Finn. “Αυτό υποδηλώνει ότι η συλλογή δεδομένων από υποεκπροσωπούμενους πληθυσμούς είναι απαραίτητη, εάν θέλουμε να επιτύχουμε μια πραγματικά ολοκληρωμένη εικόνα της σύνθεσης του ανθρώπινου εντέρου”, προσθέτει, προτρέποντας τους ερευνητές να συνεχίσουν να εστιάζουν σε πιο ποικίλες ομάδες.
